SUCCESS STORIES | par Estelle Bouillard de La Gazette du Laboratoire | Novembre 2022
Enjeux environnementaux - Développement durable
Le CEFE (Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive), un laboratoire de recherche en Ecologie et évolution
Créé en 1961, Le CEFE, situé à Montpellier, est l’un des plus importants laboratoires de recherche en Ecologie en France. Ses objectifs sont de comprendre la dynamique, le fonctionnement et l’évolution du vivant, de « la bactérie à l’éléphant » et « du génome à la planète ».
Ces objectifs se déclinent autour de trois ambitions phares :
- Comprendre le monde vivant pour anticiper ce que sera demain
- Conduire à des innovations et répondre aux attentes de la société
- Pratiquer une science « rassembleuse » et diverse dans ses approches disciplinaires
Le CEFE est organisé en quatre départements scientifiques entourés de plates-formes techniques communes :
- Ecologie Evolutive et Comportementale
- Dynamique et Conservation de la Biodiversité
- Ecologie Fonctionnelle
- Interactions, Ecologie et Sociétés
Estelle, La Gazette du Laboratoire « Bonjour, Pouvez-vous nous présenter votre équipe et vos activités en quelques mots ? »
Stéphanie Manel, directrice d’étude au CEFE : « Aujourd’hui Je dirige l’équipe de biogéographie et écologie des vertébrés, et je suis basée au CEFE depuis 2014. J’ai différentes activités de recherche dont une partie en génétique des populations ; je m’intéresse au patron de distribution de la diversité génétique et à l’impact du changement global, notamment du réchauffement climatique, sur la diversité génétique. Ces travaux utilisent notamment l’ADN Environnementale pour estimer la biodiversité des poissons marins.
Au sein de l’équipe, nous travaillons de manière plus large sur les vertébrés. Nous sommes également spécialistes des amphibiens et des reptiles avec une collection faite à partir de spécimens conservés dans l’alcool. Nous nous intéressons tous à la dynamique de la biodiversité, pour répondre à des questions de biologie de la conservation. Nous travaillons avec différents acteurs pour la mise en place de solutions concrètes pour la préservation de cette biodiversité. Nous sommes une vingtaine, dont 8 membres permanents (6 enseignants-chercheurs et 2 ingénieurs) et des doctorants, et des post-doctorants.
Nous maintenons à jour la collection BEV (Biogéographie et Ecologie des Vertébrés) qui a été créée en 1967, à l’initiative de Jacques Bons, fondateur de notre laboratoire. Au fil des années, elle s’est enrichie et il s’agit, en volume, de la deuxième collection herpétologique de France. En accès restreint, elle reste publique et les chercheurs intéressés peuvent venir la consulter sur place à Montpellier et travailler sur les spécimens.
De nombreuses ressources sont à notre disposition pour mener nos travaux de recherche en interne et également via nos partenariats et collaborations. Nous avons accès à plusieurs plates-formes :
- La plateforme d’Analyses Chimiques en Ecologie qui est un service commun du laboratoire d’excellence du centre méditerranéen de l’environnement et de la biodiversité
- La plateforme GEMEX pour Génomique, Ecologie Moléculaire, Evolution eXpérimentale, qui est la plus importante du CEFE avec un flux d’environ 90 utilisateurs par an et une surface de travail de 400m²
- La plateforme Système d’Information en Ecologie, née de l’essor des questions de recherche liées aux changements globaux
- Le terrain d’expériences du CEFE, qui est une plateforme technique polyvalente
- Une plateforme Programmes à Long Terme pour faciliter la conduite de nombreux programmes de terrain à long terme développées par l’ensemble des équipes du CEFE et d’aider à leur pérennisation
- La bibliothèque du CEFE, qui recense plus de 30 000 références. »
Le terrain expérimental du CEFE
Collection du laboratoire EPHE-CEFE-CNRS « Biogéographie et écologie des vertébrés » : amphibiens et reptiles du Paléarctique occidental
Estelle « Quels sont les activités de recherche menées et vos résultats sur ces dernières années ? »
Stéphanie Manel « Récemment, à partir de bases de données existantes, nous avons dressé une carte mondiale de la diversité génétique de poissons marins et nous avons montré que la température influence la distribution spatiale de cette diversité. J’ai également collaboré avec un chercheur anglais, spécialiste des chauves-souris et nous avons identifié des populations adaptées au milieu chaud et qui avaient la capacité d’aider des populations « froides » à s’adapter au réchauffement climatique – un champs essentiel pour la conservation des espèces avec le réchauffement climatique : existe-t-il une diversité génétique adaptative qui peut permettre la survie de ces populations ?
Depuis 5 ans, nous travaillons en collaboration avec plusieurs structures, pour mener des grandes explorations dans les océans pour collecter des échantillons d’eau à travers le monde. Nous disposons de plus de 500 échantillons d’ADN Environnemental à ce jour dans lesquels nous recherchons des traces d’ADN laissés par des organismes, et en particulier les poissons marins. Avec des outils bio-informatiques, nous allons pouvoir les référencer et reconnaître les espèces présentes dans ces milieux. En méditerranée, nous souhaitons être exhaustifs d’ici 3 à 4 ans dans notre capacité à détecter les espèces, en construisant des bases de données de références de séquences. Nous collaborons avec de nombreux acteurs, et nous venons de recevoir un financement du Zoo de Beauval ainsi qu’une bourse CIFRE (Convention industrielle de formation par la recherche) pour la poursuite de ces travaux.
Nous menons également des projets à enjeux environnementaux en collaboration avec la DREAL sur la détection dans les lagunes du crabe bleu, une espèce invasive. Nous sommes en train développer des outils pour améliorer la détection précoce de ces espèces invasives. Autre exemple : la détection d’espèces rares tels que les anges de Mer. Nous avons développé un marqueur pour sa préservation dans le milieu. Une fois ces marqueurs identifiés, Andromède, société qui œuvre à la préservation de l’environnement marin, utilise cet outil pour la détection de cette espèce rare.
Nous collaborons également avec l’unité MARBEC pour la vision écologie et la conversation des espèces marines. Nous venons de recruter un jeune enseignement chercheur EPHE qui va axer ces recherches autour de ces sujets essentiels ! De la recherche fondamentale à la recherche appliquée, ces travaux sont essentiels pour apporter des solutions concrètes aux problématiques écologiques, qui sont un enjeu majeur pour l’avenir ! ».
Moment de convivialité de l'équipe Biogéographie des Vertébrés au CEFE
Le CEFE souhaite mettre en œuvre une science « faite autrement » pour continuer d’accomplir sa mission de recherche de service public, tout en assumant sa responsabilité environnementale. Il a d’ores et déjà adopté des chartes l’engageant dans une voie de régulation de son empreinte environnementale, pour rester maître de son évolution future !
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Pour en savoir plus : https://www.cefe.cnrs.fr/
Contact : Stéphanie MANEL, Directrice d’études, EPHE-PSL Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE) [email protected]